भूमिका
अपामार्गतण्डुलीय चरक संहिता के सूत्रस्थान का दूसरा अध्याय है। इसका नाम इसकी पहली सूची के आरम्भिक शब्दों 'अपामार्गस्य बीजानि' (अपामार्ग के बीज) से पड़ा है; तण्डुल का अर्थ है दाना या बीज, और अपामार्ग वही पौधा है जिसे हिन्दी में चिरचिटा कहते हैं। पहले अध्याय की तरह इस अध्याय का उपदेश भी भगवान् आत्रेय का है। अध्याय के दो भाग हैं: शरीर के शोधन के पाँच कर्मों की औषधियाँ, और रोगों के अनुसार बनाई जाने वाली यवागू।
पहले भाग में पञ्चकर्म, यानी शरीर से दोषों को बाहर निकालने के पाँच कर्मों, की औषधियाँ क्रम से गिनाई गई हैं। पहले शिरोविरेचन (नाक के मार्ग से सिर का शोधन) की औषधियाँ आती हैं, और वे रोग जिनमें यह किया जाता है, जैसे सिर का भारीपन और शूल, आधे सिर का दर्द, पीनस, अपस्मार और सूँघने की शक्ति का नाश। फिर वमन (उल्टी द्वारा शोधन) की औषधियाँ हैं, जिनका प्रयोग तब बताया गया है जब कफ और पित्त उभरे हुए हों और रोग आमाशय में हो; फिर विरेचन (दस्त द्वारा शोधन) की, जब दोष पक्वाशय में पहुँच गया हो। इसके बाद आस्थापन बस्ति की औषधियाँ हैं, उदावर्त और विबन्ध (मल आदि के रुकने) के लिए; और अन्त में कहा गया है कि वात को शान्त करने वाली अनुवासन बस्ति भी इसी औषध-गण से बनाई जाए।
इन सूचियों के बाद अध्याय बताता है कि ये कर्म कैसे किए जाएँ: पहले स्नेह और स्वेद से शरीर को तैयार करके, और मात्रा (परिमाण) और काल (समय) का विचार करते हुए। यहीं से अध्याय का एक मूल विचार आता है: युक्ति, यानी सही योजना, मात्रा और काल पर आधारित है, और चिकित्सा की सफलता युक्ति पर टिकी है। इसलिए युक्ति जानने वाला वैद्य उनसे सदा ऊपर है जो केवल द्रव्यों को जानते हैं।
दूसरे भाग में भगवान् आत्रेय अट्ठाईस यवागू बताते हैं। यवागू अन्न को औषधियों के साथ पकाकर बनाया गया पतला दलिया या पेय है। हर यवागू के साथ उसकी औषधियाँ और उसका प्रभाव बताया गया है: कोई पाचन की अग्नि को जगाती है और शूल दूर करती है; कई अतिसार, रक्तातिसार और मूत्रकृच्छ्र में हितकर कही गई हैं; कोई प्यास, विष, खाँसी, हिचकी और श्वास को दूर करती है। कई यवागू उलटे प्रभाव वाली जोड़ियों में आती हैं: एक शरीर को पुष्ट करती है तो दूसरी कृश, एक चिकनाई लाती है तो दूसरी रूखापन, एक मल को बाहर निकालती है तो दूसरी उसे बाँधती है। कुछ घी या तेल से हुई गड़बड़ी, विषमज्वर, नशे और भूख के लिए भी बताई गई हैं।
अध्याय का सार-श्लोक दोनों भागों को समेटता है: पञ्चकर्म के आधार पर औषधियों का संग्रह, और अट्ठाईस यवागू। वह यह भी बताता है कि जो औषधियाँ पहले मूल और फल के ज्ञान के लिए कही गई थीं, वे यहाँ फिर इसलिए आई हैं कि जाना जा सके कि पञ्चकर्म में उनका प्रयोग कहाँ होता है; इस तरह एक ही औषधि को दो दृष्टियों से जाना जाता है। अन्त में अध्याय कहता है कि इन औषधियों के संयोगों से चिकित्सा करने योग्य वही वैद्य है जिसकी स्मृति अच्छी हो, जो हेतु और युक्ति को जानता हो, जिसने अपने मन को जीत लिया हो और जो सूझ-बूझ से सही निर्णय ले सके।